È l’organo di indirizzo della Fondazione ed è composta da ventotto commissari: quattordici sono espressione delle comunità del territorio, gli altri quattordici sono personalità che, offrendo le proprie competenze ed esperienze, contribuiscono al perseguimento di fini istituzionali. Il mandato della Commissione Centrale di Beneficenza (CCB) ha una durata di quattro anni.
La nuova CCB, nominata nella seduta del 28 aprile 2023, è così composta:
Giovanni Azzone (presidente), Laura Bajardelli, Giuseppe Banfi, Gianpiero Benigni, Andrea Biondi, Giovanni Caimi, Pierluigi Carabelli, Andrea Cioccarelli, Paolo Colonna, Eugenio Alberto Comincini, Suor Franca Corti, Marco Antonio Dell’Acqua, Cesare Emanuel, Giovanni Iudica, Sarah Maestri, Susanna Mantovani, Giulia Margaroli, Carlo Massironi, Marzia Monelli, Valeria Negrini (vicepresidente), Emanuele Maria Polizzi, Marco Rasconi, Maurizio Salerno, Maura Satta Flores, Claudia Sorlini (vicepresidente), Nicola Stilla, Monica Testori, Martino Troncatti.